Epistack : Visualisation de profils épigénétiques
1 : Génétique Physiologie et Systèmes d'Élevage
* : Corresponding author
École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1388, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse
24, chemin de Borde-Rouge -Auzeville Tolosane31326 Castanet Tolosan -
France
Epistack est un package R (prochainement soumis à Bioconductor) permettant la génération d'une visualisation informative très utilisée en bioinformatique : les piles de profils épigénétiques centrées sur un type de région donnée (promoteurs de gènes, sommets de piques, etc.). Il se veut (un peu) plus simple d'utilisation que les méthodes alternatives existantes, tout en restant suffisamment flexible pour s'adapter à un grand nombre de situations. Une attention particulière a été portée au problème d'overplotting lorsqu'un grand nombre de régions (> 10 000) est visualisée en même temps.
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